Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui penerapan sistem pengendalian intern terhadap piutang perpajakan, karena pengendalian intern terhadap piutang pajak ini dirasa memiliki kekurangan terutama dalam hal penatausahaannya yang berimbas pada laporan keuangan pemerintah. Penelitian ini menggunakan metode deskriptif yang bersifat kualitatif dengan Metode pengumpulan data yaitu studi dokumentasi dan studi pustaka. Hasil dari penelitian ini adalah penerapan system pengendalian internal pada penatausahaan piutang perpajakan masih memiliki kelemahan. Belum adanya system dan mekanisme pengendalian yang memastikan bahwa perhitungan piutang daluwarsa dan penyisihan piutang pajak telah dilaksanakan secara memadai dan Kementrian Keuangan belum memiliki ketentuan yang secara khusus mengatur langkah-langkah tindak lanjut yang diperlukan setelah penghapusbukuan piutang pajak daluwarsa. Kelemahan tersebut menimbulkan dampak terhadap laporan keuangan pada pemerintah pusat, dimana transaksi-transaksi yang berhubungan dengan piutang pajak tidak menggambarkan keadaan sebenarnya sehingga laporan keuangan yang dibuat tidak mengandung karakteristik yang mudah dipahami, relevan, dapat dibandingkan, dan keandalan.