El Patrimonio cultural material está expuesto a múltiples factores ambientales de riesgo que pueden afectar a su integridad y función cultural. Estos factores pueden ser físicos, químicos y también microbiológicos. El biodeterioro producido por hongos es un conocido causante de daño estético y estructural de los materiales, con un efecto mayor en el caso de deposición inadecuada o accidentes, como inundaciones o fugas de agua. Al mismo tiempo, la contaminación del aire con diferentes esporas de hongos puede constituir un factor de riesgo para la seguridad de los bienes patrimoniales. El rastreo de la biocontaminación aérea en museos tiene una doble utilidad: protección de la salud de los trabajadores en el museo ante bio-aerosoles peligrosos y el control de la presencia de agentes biodeteriorantes capaces de descomponer las piezas del museo. El presente documento presenta la metodología utilizada para la detección de especies de hongos en el aire de un museo etnográfico en Rumania, tanto en salas de almacenamiento, como de exposición. Los resultados preliminares muestran un predominio de géneros de hongos con actividad celulolítica reconocida, tales como Aspergillus, Penicillium y Cladosporium y una correlación directa entre los valores de temperatura y humedad con la concentración y los tipos de hongos presentes en el aire. Además, los medios de cultivo utilizados para el aislamiento de las especies fúngicas del aire se mostraron como un factor importante en la metodología de aislamiento.