A caracterização recorrente dos mesmos compostos bioativos por fungos filamentosos podem causar desinteresse na questão biotecnológica como também por parte da indústria. O problema levantado por pesquisadores está, principalmente, na forma do processo padrão de cultivo. Pois, muitos desses microrganismos fúngicos não conseguem expressar seus genes e, consequentemente, não sintetizam novos compostos. Com isso, é preciso identificar quais metabólitos fúngicos bioativos foram caracterizados para que novos compostos sejam isolados. Portanto, o objetivo desse trabalho foi fazer um levantamento através das etapas de revisão sistemática da literatura de metabólitos fúngicos isolados e caracterizados por gênero Fusarium. Scielo, Scopus, Lilacs, WebofScience e Medline foram utilizadas para identificar artigos publicados entre os anos e 1991 a 2020. As palavras chaves "Fusarium", "metabolite" e "antimicrobial" foram utilizadas para separar cada um artigo que se encaixavam na pergunta estabelecida neste trabalho: "Quais metabólitos fúngicos isolados e caracterizados de gênero Fusarium que apresentam potencial antimicrobiano?". Após uma busca inicial, foram encontrados 7967 artigos científicos de todas as bases de dados. Apesar desse número, apenas 438 artigos apresentaram metabólitos bioativos extraídos do gênero. Em seguida, realizou-se as etapas da revisão sistemática. 64 artigos foram identificados para extrair os dados. Ao todo, encontrou-se 57 metabólitos com potencial antifúngico e antibacteriano. Dentre esses, os compostos das classes quinonas e peptídeos não ribossomais foram os mais caracterizados. Por fim, o presente trabalho traz um registro de compostos bioativos sintetizados durante os últimos 30 anos para otimizar o caminho na busca por novos metabólitos produzidos pelo gênero Fusarium.