La utilización de la microscopía en materiales en arqueológicas a partir de los años 50, ha repercutido fuertemente en el desarrollo de metodologías de análisis que permiten acceder a un registro inaccesible por otros medios. No obstante, Latinoamérica había permanecido relativamente ajena al desarrollo de dichas innovaciones. En la última década, sin embargo, la utilización de microscopía de diferentes aumentos y naturalezas ha ido cobrando un tímido impulso entre los investigadores, tal vez en coincidencia con un aumento en el interés por la tecnología y traceología ósea. En el presente trabajo se elabora una síntesis del impacto del uso de microscopía (y especialmente la Microscopía Electrónica de Barrido) en la zooarqueología y tafonomía chilena a partir del análisis de casos específicos, un balance crítico de sus posibilidades, requerimientos técnicos, costos y debilidades en el marco de la investigación zooarqueológica.