El objetivo de la investigación fue determinar el contenido de compuestos fenólicos totales (CFT), flavonoides (F), pigmentos betalámicos (PB) y capacidad antioxidante de granos de quinua (Chenopodium quinoa W.), después del proceso de lavado, secado y cocción. Se evaluaron dos variedades de quinua (Pasankalla y Negra Collana), las cuales fueron proporcionadas por la Dirección Regional de Agricultura de Cajamarca, Perú. El contenido inicial de CFT, F y PB fue mayor en la variedad Negra Collana que en la variedad Pasankalla y el comportamiento fue similar después de todas las etapas de procesamiento, con excepción de la capacidad antioxidante, la cual se incrementó después del proceso de secado y cocción. Los PB de las dos variedades de quinuas en estudio se degradaron y difundieron en el agua de acción siguiendo una cinética de primer orden. Aunque hubo pérdidas significativas de CFT, F y PB (p<0,05) después del proceso de cocción, las dos variedades de quinuas siguen siendo excelentes fuentes funcionales por su elevada capacidad antioxidante.