La gestión por procesos es implementada en las organizaciones para ordenar actividades secuenciales que generan resultados de valor para los usuarios, aplicarlos en entornos complejos como la gestión de las unidades militares supone un reto administrativo que ha inspirado soluciones manuales e informáticas básicas que no son completamente compatibles con la demanda de rendimiento, integración y precisión en el flujo de información, elementos requeridos en el entorno tecnológico actual para facilitar la toma de decisiones. Las teorías y modelos aplicados a la gestión de riesgos y seguridad operacional en los ámbitos de la aviación, la industria, la medicina, han logrado reducir y mantener niveles de riesgo aceptables para la operación, por lo que pueden ser adaptados y aplicados a los procesos administrativos y de seguridad de las unidades militares para obtener los mismos resultados. En este artículo se plantea un modelo para la implementación de aplicaciones informáticas que fortalezcan los procesos administrativos y de seguridad de las unidades militares de Ecuador, fundamentadas en la combinación de las teorías de gestión por procesos, gestión de riesgos y bases de datos integradas. Al someter esta propuesta a una simulación de procesos se registró un significativo aumento en su eficiencia, que permitió identificar y eliminar los “cuellos de botella”, reduciendo el tiempo de ejecución promedio en 94,8 % y la cantidad de personal necesario de 7 a 2, a través de la automatización de los procedimientos manuales y de su integración con diferentes departamentos, fortaleciendo la seguridad al acoplar e incluir, de forma visual, las barreras de prevención adoptadas del modelo del queso suizo, para alertar sobre inobservancias a las normas institucionales y los efectos que podrían comprometer la seguridad.