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Abstract. The need for effective chemical water monitoring is evident. Indeed the overall management and decision making system driven by the Water Framework Directive (WFD) and other European water policies is strongly dependent on monitoring data. Because the overall decision making process relies, most of the time, on acquired data, it puts considerable pressures on the display of high quality chemical environmental measurements. However, performing fit for purpose measurements implies i) the demonstration of their metrological traceability ii), the evidence of their achievement thanks to accurate and sensitive analytical methods and iii) their statement with a realistic estimate of expanded uncertainty are thoroughly addressed. Concern regarding the presence of potentially active substances in surface waters was brought up by the end of the 90s. Intensive monitoring programs have revealed a chronic state of contamination of water systems by numerous molecules; pharmaceuticals have been highlighted as one of first concern for French aquatic system. This work demonstrates the consequences that (i) the sampling strategy and (ii) methodological and (iii) metrological laboratory choices may have on the measurements' result. It reemphasizes that the main contribution to the uncertainty of measurement is linked to sampling uncertainty

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L’analyse non ciblée connaît une forte période de croissance dans le domaine de l’analyse environnementale, car elle ouvre le champ des investigations de la qualité des milieux à un très grand nombre de composés. Cet article consiste en un retour d’expérience de 12 laboratoires français sur les pratiques et les précautions à considérer lors de la réalisation d’analyses non ciblées, en particulier pour la recherche de composés suspects dans les échantillons issus des milieux aquatiques. En effet, si cette technique apporte des informations nouvelles et très prometteuses, elle n’en reste pas moins une technique complexe qu’il convient d’utiliser avec de nombreuses précautions pour assurer des résultats de qualité. La réflexion commune entreprise dans le groupe de laboratoires, a permis de synthétiser des informations techniques afin de présenter les enjeux de cette méthodologie d’intérêt majeur en analyse environnementale de façon simple et accessible aux laboratoires, demandeurs d’analyse ou toute personne intéressée par ce type d’approche. Les verrous liés à la spécificité des analyses non ciblées, au développement de méthodes et au rendu de résultats ont été développés pour fournir des clés de compréhension pour les laboratoires et les utilisateurs de résultats. Ce travail s’attache ainsi à être un guide de découverte de la technique pour les personnes désireuses de voir ce que peut apporter l’analyse non ciblée, mais également un guide de bonnes pratiques pour celles et ceux qui acquièrent ou qui analysent des données issues de ces techniques.