Se analizaron seis poblaciones de magueyes pulqueros: ‘Manso’ (Agave salmiana var. ‘Salmiana’), ‘Ayoteco’ (Agave salmiana var. ‘Ayoteco’), ‘Verde’, ‘Carrizo’ Agave mapisaga Trel), ‘Negro’ y ‘Xilometl’, del Nororiente del Estado de México, para determinar la diversidad genética entre y dentro de las mismas, obtener las huellas genéticas correspondientes, y hacer comparaciones para diferenciar sus variantes genéticas. Se utilizaron marcadores moleculares tipo RAPD (Polimorfismos en el ADN Amplificados al Azar) y algunas variables morfológicas. El análisis de varianza mostró diferencias significativas (P ≤ 0.01) entre poblaciones para: altura de planta, número de hojas, largo de hojas, ancho de hojas, número de espinas laterales y longitud de espina principal. Los  discriminantes morfológicos que permitieron separar a las poblaciones en cuatro grupos, fueron: longitud de espina principal y número de espinas laterales, mismas que explicaron 94 % de la variación. El porcentaje total de loci polimórficos fue de 73.2 % pero dentro de poblaciones hubo reducida variabilidad genética, con porcentajes de loci polimórficos que variaron de 12.2 % para el maguey ‘Verde’ hasta 32.5 % en los magueyes ‘Manso’ y ‘Ayoteco’. La diversidad genética de Nei (H) promedio fue de 0.28 ± 0.20, lo que confirma la baja diversidad en las poblaciones. El grado de flujo genético fue bajo (Nm = 0.24), lo que indica que hay menos de un migrante por generación entre las seis poblaciones. El dendrograma obtenido con RAPD mostró dos grandes grupos, cada uno de los cuales incluyó tres variantes relacionadas. En el primer grupo Agave mapisaga Trel (‘Carrizo’) se relacionó con ‘Verde’ y con ‘Xilometl’, con valores de  identidad de 0.91 y 0.82, respectivamente. En el segundo grupo hubo una asociación muy cercana entre el maguey ‘Manso’ (Agave salmiana var. ‘Salmiana’) y los magueyes ‘Negro’ y ‘Ayoteco’ (0.89 y 0.83).