1Trường Đại học khoa học, Đại học Thái Nguyên 2 Viện Nghiên cứu hệ gen, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam TÓM TẮT: Chỉ thị phân tử SSR (single sequence repeat) được ứng dụng phổ biến trong chọn giống, lập bản đồ các gen có ích, xây dựng bản đồ di truyền, nghiên cứu di truyền liên kết và di truyền quần thể. Trong nghiên cứu này, chúng tôi phân tích đặc điểm kích thước một số đoạn SSR và đánh giá sự đa dạng genome 18 giống/dòng chè thu thập tại địa điểm: xã Tân Cương, Công ty chè Sông Cầu và xã Minh Lập (Đồng Hỷ), Thái Nguyên. Kết quả khuếch đại sản phẩm PCR-SSR với 14 cặp mồi đặc hiệu từ các mẫu chè nghiên cứu đều chỉ ra sự đa dạng trình tự lặp lại của đoạn SSR và đa dạng các phân đoạn DNA được khuếch đại. Sử dụng phần mềm NTSYS version 2.1 phân tích sự đa dạng các phân đoạn DNA được khuếch đại bằng kỹ thuật PCR-SSR, các giống/dòng chè nghiên cứu được chia thành 2 nhóm chính và có hệ số di truyền sai khác là 0,4 (1-0,6). Đồng thời, trình tự nucleotide của chỉ thị SSR liên quan đến gen mã hóa glyoxalase và sucrose 6-phosphatephosphatase được xác định và phân tích làm cơ sở nghiên cứu chỉ thị phân tử ứng dụng trong chọn tạo giống chè. Kết quả phân tích trình tự nucleotide cho thấy sự khác nhau về motif lặp lại giữa các mẫu chè nghiên cứu và trình tự đã công bố.Từ khóa: Camellia sinensis, đa dạng di truyền, glyoxalase, microsatellite, SSR, sucrose 6-phosphatephosphatase. MỞ ĐẦUChè là thứ nước uống tự nhiên có từ lâu đời, được tiêu thụ rộng rãi, được trồng chủ yếu ở các nước nhiệt đới của châu Á, châu Phi và châu Mỹ La tinh. Theo Wight (1959), chi chè, Camellia, có 3 loài, đó là chè Trung Quốc (Camellia sinensis-China), Ấn Độ (Camellia assamica-Assam) và loài trung gian giữa chè Trung Quốc và Ấn Độ (Camellia assamica lasiocalyx-Campod). Ba loài chè này là nguồn gốc cho hầu hết các loài chè trồng ở các nước trên thế giới hiện nay (Wight, 1959). Thống kê của Min et al. (2007) có khoảng 120 loài chè được trồng ở các nước châu Á, Trung Quốc có tới 97 loài, trong đó chè Camellia sinensis (L) O. Kuntze được phân thành 4 thứ khác nhau, đó là thứ chè Camellia sinensis var. sinensis, C. sinensis var pubilimba, C. sinensis var assamica và C. sinensis var dehungensis (Min et al., 2007). Đặc điểm về giống và chu kỳ sống của chè phức tạp tạo nên một số hạn chế cho chọn tạo và cải tiến giống theo phương pháp truyền thống. Việc phân biệt giữa các thứ chè China, Assmam và Compod gặp khó khăn do tính chất không đồng nhất của chè (Visser, 1996). Do đó, các chỉ thị phân tử ở mức độ DNA được các nhà khoa học quan tâm sử dụng để phát hiện các biến đổi về mặt di truyền.