Biota dasar perairan merupakan fauna yang hidup di dasar perairan, baik di kawasan tawar, payau, maupun di perairan asin terutama di perairan  ekosistem mangrove. Tujuan penelitian adalah (1) Mengkaji jumlah  spesies biota dasar perairan masing-masing ekosistem mangrove yang terdapat pada masing-masing  perairan ekosistem mangrove di Kabupaten Aceh Jaya, dan (2) Menganalisis ekosistem mangrove yang paling dominan ditempati oleh spesies biota dasar perairan di Kabupaten Aceh Jaya. Penelitian dilakukan di ekosistem mangrove di Kabupaten Aceh Jaya, dan dilaksanakan  pada Bulan April dan Bulan Mei 2019. Penetapan kawasan penelitian dilakukan dengan metode purposive sampling, dan pengambilan data menggunakan metode destruktif sampling. Jumlah spesies biota dasar perairan dianalisis secara deskriptif, sedangkan ekosistem mangrove yang didominansi oleh biota dasar perairan yang terdapat di Kabupaten Aceh Jaya  dianalisis dengan rumus indek dominansi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa (1) Jumlah spesies biota dasar perairan di masing-masing ekosistem mangrove Kabupaten Aceh Jaya berkisar antara 3 spesies sampai 10 spesies, dan (2) Indek dominansi ekosistem mangrove yang ditempati oleh biota dasar perairan berkisar antara 0,23 sampai 0,77,  yang tertinggi adalah  ekosistem mangrove Kecamatan Setia Bakti. dengan indek dominansi 0,77, dan  terendah adalah ekosistem mangrove Kecamatan Krueng Sabe dan Kecamatan Teunom dengan indek dominansi rata-rata 0,23.  Kesimpulan penelitian adalah (1) Jumlah spesies biota dasar perairan di ekosistem mangrove Kabupaten Aceh Jaya bervariasi, dan (2) Ekosistem mangrove yang paling dominan ditempat oleh biota dasar perairan di Kabupaten Aceh Jaya Provinasi Aceh adalah ekosistem mangrove dalam Kecamatan Setia Bakti.