Latar Belakang: Pendidikan klinik memiliki suasana lingkungan belajar yang sangat berbeda dengan pendidikan di tahap akademik. Persepsi lingkungan belajar memburuk disaat mahasiswa memulai pengalaman klinik dan lingkungan belajar klinik merupakan salah satu sumber kecemasan yang cukup besar. Dalam model Biggs kecemasan dianggap sebagai variabel penghalang akibat interaksi antara mahasiswa dan lingkungannya. Tinggi rendahnya kecemasan akan berpengaruh terhadap tingkat kompetensi mahasiswa. Penelitian bertujuan mengetahui hubungan antara persepsi tentang lingkungan pembelajaran klinik dan tingkat kecemasan mahasiswa program profesi dokter. Metode: Penelitian analitik observasional dengan pendekatan cross-sectional, melibatkan 41 responden mahasiswa program profesi dokter angkatan 2013 Fakultas Kedokteran Universitas Muhammadiyah Purwokerto di RSUD dr. Soeselo Slawi dengan total sampling, analisis data menggunakan uji korelasi Pearson.Hasil: Hasil penelitian menunjukan persepsi lingkungan belajar klinik kurang baik sebanyak 24,4%, cukup baik 68,3%, dan baik 7,3%. Tingkat kecemasan mahasiswa didapatkan tidak cemas-cemas ringan 41,5%, cemas ringan-sedang 56,1%, dan cemas sedang-berat 2,4%. Analisis pearson menunjukan terdapat hubungan yang signifikan antara persepsi lingkungan pembelajaran klinik dan tingkat kecemasan mahasiswa program profesi dokter dengan P value 0,006 (P = <0,05).Kesimpulan: Terdapat hubungan yang signifikan antara persepsi lingkungan pembelajaran klinik dan tingkat kecemasan mahasiswa program profesi dokter.