El Lago de Chapala ha estado expuesto a diversas fuentes y niveles de contaminación, como descargas municipales de diferentes comunidades, aguas de retorno agrícola y aguas residuales provenientes del río Lerma, vertidas por industrias. Por ello, es importante determinar las variaciones que presentan a través del tiempo los organismos fitoplanctónicos en este sistema acuático durante todo el año, y analizar las variaciones de la calidad del agua y sus relaciones en tres zonas del lago. Este estudio, se realizó en el período comprendido entre mayo de 1992 y febrero de 1993, monitoreando 21 estaciones en el Lago de Chapala cada tres meses, tanto en la superficie como a un metro de profundidad, posteriormente se realizó el análisis cualitativo y cuantitativo de los organismos fitoplanctónicos.La calidad del agua se evaluó considerando 23 parámetros con datos proporcionados por el Centro de Estudios Limnológicos (CEL) de Guadalajara, Jal. La mayor abundancia fitoplanctónica fue de 16 048 cel/mL en superficie y a un metro de profundidad de 8 309 cel/mL. Se presentaron procesos alogénicos relacionados con las diferentes condiciones que presentó la estructura del fitoplancton, la turbiedad fue causada en menor escala por la abundancia algal y afectó directamente la abundanciade los organismos, el pH fue básico y los nutrientes como el fósforo total, ortofosfatos y nitrógeno orgánico fueron abundantes por lo que no se consideraron limitantes. Los resultados indican que a través del tiempo el Lago de Chapala ha mostrado valores continuos de calidad del agua con fluctuacionesen algunos registros pero se mantiene la fase de eutrofia como resultado del aporte indiscriminado de contaminantes de diversos tipos.

El presente trabajo se llevó a cabo en el Lago Zempoala durante el periodo 1998-1999, efectuándose un estudio sobre la densidad y la distribución de los componentes fitoplanctónicos y zoobentónicos de este lago. Los datos muestran que la flora está integrada por 29 especies, incluidas en 8 clases, de éstas, la clase Bacillariophyceae presentó las densidades más altas y dominó en cuanto a su presencia en el espacio y tiempo. Las densidades mayores del fitoplancton se registraron durante la primavera, de acuerdo a la distribución de las especies se observó una sucesión estacional. Con respecto a los organismos bénticos, los resultados indicaron que durante el período otoño-invierno la abundancia fue mayor que en la época primavera-verano, registrándose una abundancia total de 10,612 org/m2, dominando los oligoquetos en la zona litoral durante casi todos los meses de muestreo y los cladóceros en la zona profunda. Respecto a las zonas de colecta las estaciones siete y ocho presentaron el mayor número de organismos.

Se estudió la composición y distribución del fitoplancton en el río Amacuzac. El fitoplanc­ton fue colectado en diferentes localidades del río, Se reconocieron un total de 16 especies correspondiendo 11 a la clase Chlorophyceae y cinco a la clase Cyanophyceae.