El objetivo de este estudio es conocer la situación epidemiológica de la paratuberculosis bovina y determinar las prácticas de manejo que favorecen la presencia de esta enfermedad, en tres regiones económicas de mayor importancia ganadera en el estado de Chiapas. Se obtuvo una n=460 animales procedentes de 92 unidades de producción pecuaria (UPP). Se tomaron muestras de cinco hembras y un semental mayores de dos años por UPP. El diagnóstico serológico se realizó con un kit comercial de ELISA IDEXX paratuberculosis Screening. Además, se aplicó un cuestionario a los productores para detectar algunas posibles prácticas de manejo en la transmisión de la enfermedad. Se calculó el Riesgo Relativo (RR) con un intervalo de confianza 95% (IC). Con base en el análisis de las prácticas de manejo de este estudio, se encontró un RR de 0.19 a 0.30 para estos factores (P<0.05) esto implica que existe una probabilidad significativa de que la enfermedad se manifieste si estos factores están presentes en la unidad de producción pecuaria. La seroprevalencia se calculó con el programa Epi Info 7. ® y la asociación entre variables por razón de momios (RR) con el programa Win Episcope Ver. 2.0®. La seroprevalencia general fue de 15% (IC95%: 12.03 - 18.55%) para la región Frailesca fue de 12% (IC95%: 7.58 - 17.76%) mientras que en la región Istmo-Costa fue del 17.89% (IC95% 12.72 - 24.1%) y en la región Valle Zoque del 14.74% (IC95%: 8.3 - 23.49%). Se identificaron malas prácticas de manejo, como bebederos y comederos sucios, corrales con piso de tierra, limpieza de corrales, edad al destete de los terneros y manejo del semental. Se concluye que la paratuberculosis bovina está presente en el ganado bovino del estado de Chiapas y por lo tanto es necesario establecer estrategias que favorezcan su control y prevención, como la detección y segregación de animales positivos, así como la disminución de los factores que permitan la transmisión en la cría del ganado.