El objetivo de la presente investigación fue evaluar la emergencia, el vigor y fenología pre-trasplante de plántulas procedentes de semilla sembrada con y sin endocarpio, de nueve genotipos de café en Oxapampa, a fin de contar con nuevos genotipos de plántulas uniformes. Se utilizó un diseño experimental de bloque completo randomizado con arreglo factorial. En germinador cada unidad experimental fue conformada por dos surcos con 25 semillas en cada surco. En almacigo cada unidad experimental consto de 16 macetas: se muestrearon 4 macetas. Para las variables evaluadas en germinador y almacigo, los genotipos que destacaron, fueron los siguientes: UNACAF-89 (caturra rojo): porcentaje de emergencia (57 %); ritmo de crecimiento (4.04 mm/semana); UNACAF-116 (catimor): peso fresco de plántula (0.64 g); índice de vigor de plántula (53.79); peso fresco parte aérea (2.36 g); peso fresco de raíz (1.27 g); peso seco parte aérea (0.53 g); peso seco de raíz (0.16 g); volumen de raíz (1.25 ml); UNACAF-250 (obata): peso seco de plántula (0.13 g); altura de planta (10.13 cm); UNACAF-188 (caturra amarillo): tasa de emergencia (1.17 plantas/día) y UNACAF-213 (geisha): diámetro de tallo (2.81 mm). En el grupo de semillas sembradas sin endocarpio se presentaron mejoras para las variables: porcentaje de emergencia, tasa de emergencia, índice de vigor de plántula, peso fresco de raíz y en el volumen de raíz. UNACAF-89 (caturra rojo) obtuvo el mayor número de plantas en los estadios secundarios 09 y 10; asimismo, el mayor número de hipocótilos en el estadio secundario 07 de la escala BBCH.