No abstract

No abstract

-Salt stress considerably hinders the growth and productivity of maize (Zea mays L.). Identifi cation of salt tolerant genotypes and integration of alternative molecular markers have important roles in enhancing breeding processes. In this study, 3308 maize expressed sequence tags (ESTs) from salt stress-related libraries were assembled to mine repetitive sequences for development of applicable markers. In this core EST data, 208 simple and 18 non-simple repetitive regions were detected in 312 contigs and 1121 singletons. The di-nucleotide repeats were the most abundant type and accounted for 79.3%, followed by tri (19.7%), and tetra-nucleotide (1%). Among 59 EST-simple sequence repeats (SSRs), a total of 55 were screened for polymorphism between F35 (salt sensitive) and F63 (salt tolerant) parents and 48 out of 55 were detected as monomorphic. Signifi cantly, seven of them (12.7%) were found to be polymorphic and were used for genotyping of 158 F 5 derived recombinant inbred maize lines, and four of them were located on chromosome 1 and 3. Using in silico mapping, 44 out of 59 EST-SSR markers were mapped on 10 maize chromosomes. Analysis of sequence homology revealed different functional groups such as: membrane transport, cell defense, cell division, signaling components, photosynthesis and cell metabolism. These EST-SSRs might be used as new functional molecular markers in the diversity analysis, identifi cation of quantitative trait loci (QTLs) and comparative genomic studies in maize in the future.

Kökeni Doğu Akdeniz ülkelerine dayanan, hayvan yemi ve maltlık olarak tüketilen arpanın, dünyanın birçok bölgesinde tarımı ve ıslahı yapılmaktadır. Arpa çeşitlerinde genetik çeşitliliğin belirlenmesi, çeşitler arasındaki genetik ilişkilerin ortaya çıkarılması ve ıslahçı haklarının korunması için moleküler yöntemlerden faydalanılmaktadır. Bu çalışmada, arpa genomunun önemli bileşenlerinden olan BARE-1 retrotranspozonu ile ilişkili IRAP (Retrotranspozon-arası Çoğaltılmış Polimorfizm), REMAP (Retrotranspozon-Mikrosatellit Çoğaltılmış Polimorfizmi) ve iPBS (Primer Arası Bağlanma Yeri Polimorfizmi) olarak adlandırılan moleküler belirteçler kullanılarak ulusal birçok çeşidin karakterizasyonu yapılmıştır. Toplamda 211 alel olmak üzere, 3 IRAP primer çifti 49.5 REMAP primer çifti 55 ve 7 iPBS primer çifti için 107 alel tespit edilmiştir. Lokus başına ortalama 14 alel belirlenmiştir. Polimorfik Bilgi İçeriği (PIC) ortalama değeri REMAP için 0.407, IRAP için 0.454 ve IPBS için de 0.442 bulunmuştur. Genetik benzerlik değerleri 0.41 ila 0.93 arasında değişmiştir. Tüm belirteçler için ortalama fark yöntemi (UPGMA) kümeleme analizi yapılarak, çeşitler genetik benzerliklerine göre gruplandırılmışlardır. Bu çalışmada, fazla sayıda alel ve yüksek PIC değeri vermeleri, ucuz ve kolay elde edinimleri nedeniyle, transposon temelli moleküler belirteçler ile çok yakın ilişkili çeşitlerin dahi ayrımının kolay bir şekilde yapılabileceği görülmüştür. Transposon esaslı belirteçler, çeşitler arasında genetik ilişkileri belirlemenin yanı sıra genetik kaynakların korunmasında ve tohum bankalarının yönetiminde faydalı olabilecektir.