Los arrecifes coralinos constituyen uno de los ecosistemas más amenazados por los efectos de la actividad antrópica y el cambio climático, impactos a los cuales no escapan los arrecifes del Mar Caribe. El objetivo de la investigación fue la evaluación de la calidad del agua aledaña a los arrecifes del golfo de Cazones, S de Cuba, a partir de algunos indicadores microbiológicos y químicos. Se realizaron dos muestreos en épocas contrastantes, noviembre 2015 (invierno) y abril 2017 (verano), donde se tomaron 13 muestras de agua (cinco en las crestas y ocho en los arrecifes frontales). Los arrecifes más vulnerables, tomando en consideración los indicadores seleccionados microbiológicos y químicos de calidad de las aguas, fueron Sureste de cayo Diego Pérez 2 (SE-Cy.DP2), Sureste de cayo Diego Pérez 1 (SE-Cy.DP1) y Sur de la ensenada de Cazones (S-EC) (Nirvana), al presentar elevadas concentraciones de bacterias heterótrofas, de sulfato-reductoras, de vibrios y de materia orgánica (DQO).  De acuerdo con la concentración de bacterias heterótrofas, el estado trófico de las aguas varió entre mesotróficas a meso-eutróficas oeste de la ensenada de Cazones (O-EC), seguido de este de la ensenada de Cazones (E-EC) y sur de la ensenada de Cazones (S-EC) lo que indica que las aguas aledañas a esos arrecifes se mantienen enriquecidas de materia orgánica, tanto en las crestas como en los arrecifes frontales. Los resultados obtenidos deben servir de alerta, ya que existen condiciones para el deterioro paulatino de los arrecifes.