Secara ekologi bivalvia berperan dalam menjaga poduktifitas lingkungan. Kurangnya informasi mengenai keberadaan dan komposisi spesies dari Bivalvia tersebut, mendorong untuk dilakukan penelitian ini. Tujuan penelitian adalah untuk menganalisis komposisi dan kelimpahan spesies Bivalvia di ekosistem Lamun Desa Juanga Kecamatan Morotai Selatan, Kabupaten Pulau Morotai. Pengambilan sampel menggunakan metode kuadrant ukuran 1 x 1 meter untuk Bivalvia Epifauna, dan pipa paralon dengan diameter 10 cm untuk Bivalvia yang terdapat dalam dasar perairan (infauna). Analisis data menggunakan rumus komposisi, dan kelimpahan menggunakan rumus kelimmpahan dengan menggunakan pendekatan Excel. Hasil penelitian didapatkan sebanyak 7 spesies bivalvia yang tersebar di empat stasiun penelitian yaitu Anadara gubernculum, Donax trunculus, Dosinia dilecta, Frogum unedo, Latona cuenata, Atrina pectinata dan Ostrea lurida dengan jumlah total sebanyak 112 individu. Jumlah individu spesies bivalvia berkisar 47- 96 dengan nilai tertinggi pada adalah Anadara gubernculum pada stasiun II (96%), dan terendah di stasiun I (47%). Kesimpulan diperoleh (1) Komposisi spesies Bivalvia memiliki presentasi (absolut) yaitu Anadara gubernculum 0,74 sedangkan untuk spesies lain secara keseluruhan memiliki komposisi kategori (rendah) dengan nilai dibawah 0,23. (2) Kelimpahan individu dan kelimpahan relatif di semua stasiun yang memiliki nilai tertinggi yaitu jenis Anadara gubernculum.