Isótopos estables (Deuterio y Oxígeno 18) e hidroquímica fueron utilizados como trazadores para determinar el origen del agua en el cráter de la Laguna de Tiscapa y sus interacciones con el agua subterránea y Lago Xolotlán, para esto se utilizaron 253 resultados de isótopos estables y 56 resultados hidroquímicos de las fuentes: precipitación, agua subterránea, Laguna de Tiscapa y Lago Xolotlán. Los isótopos estables indican que Laguna de Tiscapa es recargada en zona oeste por agua subterránea donde hay una composición media de -7‰ en δ18O, los procesos de evaporación en laguna hacen que tenga una composición media de -5.4‰ en δ18O, reflejando este aporte de Laguna de Tiscapa zona noreste del agua subterránea con enriquecimiento de -6‰ en δ18O. La composición hidroquímica en Laguna de Tiscapa tiene común relación con el agua subterránea donde rigen los procesos de disolución de material geológico y no el meteórico, esta disolución hace predominen los iones HCO-3, Ca+2, Na+, Mg+2. Los procesos de disolución se dan principalmente por la presencia de silicatos seguidos de calcitas, que es característico de la composición del acuífero Las Sierras. Se puede descartar aporte de agua del Lago Xolotán a Laguna de Tiscapa, puesto que este presenta una composición isotópica altamente enriquecido, a lo que se suma los procesos de salinización que experimenta este cuerpo de agua.