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The development of single nucleotide polymorphism (SNP) markers provides the opportunity to improve many areas of plant breeding and population genetics. Unfortunately, for species such as the rubber tree (Hevea brasiliensis), the use of next-generation sequencing for genomic SNP discovery is very difficult because of the large genome size and the abundance of repeated sequences. Access to a set of validated SNP markers is a significant advantage for rubber researchers who wish to apply SNPs in scientific research. Here, we performed genomic sequencing of H. brasiliensis and generated 10,993,648 short reads, which were assembled into 10,071 contigs (N50 = 3078) by a de novo assembly strategy. A total of 2446 contigs presented no hits in the current H. brasiliensis genome assembly and may therefore be considered novel genomic sequences of rubber tree. A total of 143 putative polymorphic positions were selected, gene annotations were available for 58.7 % of the markers, and all of the sequences could be anchored to the released H. brasiliensis genome. These SNPs were validated in eight genotypes of H. brasiliensis and 15 F1 plants from a mapping population, resulting in 30 (20.9 %) positions correctly classified. The analysis revealed key candidate genes responsible for defence mechanisms and provided markers for further genetic improvement of Hevea in breeding programmes. (Résumé d'auteur

Aos meus pais, Maria e Djalma, pelo amor, carinho, paciência e por todos os ensinamentos que me fizeram uma pessoa melhor. Apesar das dificuldades, ambos sempre me incentivaram, abrindo mão de muitas coisas para que eu pudesse estar aqui, finalizando mais um importante ciclo da minha vida. Obrigada por me ensinarem o valor do conhecimento.Ao Leonardo, meu amor, que ao longo desses anos me ajudou e sempre me incentivou, me aconselhando e compartilhando dos meus bons e maus momentos. Seu amor me dá forças pra continuar nessa caminhada. À Prof a . Anete Pereira de Souza, por me aceitar em seu laboratório para meu estágio de conclusão de curso, e por confiar e acreditar em mim aceitando me orientar durante o mestrado. Obrigada por abrir as portas do seu laboratório, onde pude crescer como pessoa e como profissional. Foram inúmeros os ensinamentos, muito obrigada!! À Drª. Lívia Moura de Souza, minha co-orientadora, que me acompanha desde o meu estágio de conclusão de curso. Minha 'mãe de laboratório' que me ensinou tudo que sei hoje.Obrigada pela paciência, compreensão e companheirismo. Ao Dr. Vincent Le Guen que me acolheu como um pai durante meu período de estágio no CIRAD. Foram dias onde aprendi muito, conheci diversas pessoas e sua cultura e pude ter a experiência de trabalhar em um laboratório diferente. Obrigada por aceitar me orientar no CIRAD, por confiar em meu trabalho, me ajudar com o francês e me fazer sentir parte da sua família.Ao Dr. Paulo de Souza Gonçalves, que sempre me recebeu com carinho e paciência para me ajudar com minhas inúmeras dúvidas sobre a cultura da seringueira.