A análise de desempenho de aplicações de computação de alto desempenho (HPC) foi recentemente facilitada pelo uso de plataformas de nuvem. Os subsídios concedidos pelos fornecedores de infra-estrutura para projetos de pesquisa nas universidades também tem contribuído neste sentido. No entanto, o desempenho de aplicativos HPC depende fortemente do suporte de Entrada/Saída da plataforma, principalmente da rede de intercomunicação entre as máquinas virtuais. Neste estudo, o desempenho de aplicativos selecionados da suíte NPB NAS Parallel Benchmark e aplicações reais para o processamento de consultas geográfica foi comparado, em um cluster físico de máquinas comuns e outro cluster semelhante na nuvem Microsoft Azure. Nossos testes demonstraram um speed-up até 2,7 vezes menor na nuvem para aplicações limitadas por CPU. Apesar da qualidade superior dos processadores na nuvem, nossos testes também mostraram um tempo de execução até 3,0 vezes maior na nuvem.