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Instrumentos endodônticos são frequentemente reutilizados, existindo uma apreensão se os métodos de esterilização empregados são capazes de neutralizar as contaminações que possam ficar retidas nas limas. O presente estudo teve por objetivo ressaltar sobre as implicações da presença de microrganismos contaminantes nas limas endodônticas, além de discutir sobre os principais métodos de descontaminação e as doenças infecciosas passíveis de transmissão durante o tratamento odontológico. A metodologia empregada foi através de pesquisa bibliográfica compreendida entre os anos de 2000 a 2018. Como fontes para tombamento foram utilizadas as bases de dados (GOOGLE Acadêmico, SciELO, PUBMED e MEDLINE). Através deste estudo, pode-se concluir que nenhumas das técnicas observadas foram capazes de limpar completamente os instrumentos endodônticos. As que se mostraram mais eficazes foram a de cuba ultrassônica e autoclave onde as mesmas asseguram uma melhor eliminação dos microrganismos. Mesmo assim se faz necessário a existência de um monitoramento dos métodos de esterilização para garantia da biossegurança visto que não existe um padrão a ser seguido para a realização da mesma.