Extrato aquoso de C-ficocianina de Spirulina platensis, com e sem resíduos celulares, foi purificado em sistema aquoso bifásico (SAB) polietilenoglicol (PEG)/fosfato de potássio variando-se a massa molar do PEG, a pH 6, mais promissor do que a pH 7. Para os ensaios realizados com cada massa molar, com diferentes percentuais de PEG e sal, as concentrações (mg mL -1 ), as purezas (OD 620/OD 280) e os coeficientes de partição da C-ficocianina de cada sistema foram determinados e comparados. O processo para a purificação primária de C-ficocianina intracelular com resíduos celulares (integrado), composto por 15% de PEG 1500 e 13% de fosfato de potássio de 5% de PEG 4000 e 18% de sal, alcançaram concentrações de C-ficocianina de, respectivamente, 1,60 e 2,67 mg mL -1 na fase de topo. As purezas foram de 0,73 e 0,79, respectivamente, valores superiores aos obtidos nos sistemas sem resíduos celulares.Crude C-phycocyanin extracts from Spirulina platensis, with and without cell debris, were purified in aqueous two-phase systems (ATPS) varying the molar mass of the PEG, at pH 6, more promising than at pH 7. For the assays carried out with each molar mass, with distinct percentages of PEG and salt, the concentrations (mg mL -1 ), purities (OD 620/OD 280) and C-phycocyanin partition coefficients of each system were determined and compared. The process for the primary purification of intracellular C-phycocyanin with cell debris (integrated), composed of 15% of PEG 1500 and 13% of potassium phosphate and 5% of PEG 4000 and 18% of salt, produced C-phycocyanin concentrations of, respectively, 1.60 and 2.67 mg mL -1 in the top phase. The purities were of 0.73 and 0.79 respectively, values higher than those obtained in the systems without cells.