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Los océanos albergan el 71 % de la superficie terrestre. Tal es su magnitud que, desde tiempos inmemoriales, el ser humano ha establecido multitud de vínculos con él y sus habitantes. Los mamíferos marinos, tales como odontocetos y pinnípedos, se han convertido en recursos biológicos fundamentales. Es por ello que el bienestar y la conservación de estos animales deben suponer una prioridad para el hombre, en su afán por seguir aprendiendo sobre el medio marino.La metodología empleada en la elaboración del presente artículo ha supuesto una revisión sistemática de la documentación científica más relevante acerca del tema de estudio.Las enfermedades infecciosas son consideradas la principal causa de patología en estos animales. Entre los agentes víricos de mayor impacto destacan los géneros Poxvirus y Herpesvirus. El género bacteriano Brucella y los nematodos de la familia Anisakidae son conocidos por protagonizar las mayores epizootias en ambos grupos de mamíferos marinos.Este trabajo pretende constituir la primera guía de aproximación acerca de las principales patologías infecciosas y aspectos clínicos de mayor impacto en odontocetos y pinnípedos, estableciendo una clara distinción entre aquellos que se encuentran en estado salvaje y los que viven en medios controlados.