Objetivo: durante los últimos años, las actividades de ciencia ciudadana han cobrado mayor interés, debido a que contribuyen a la recopilación de nueva información y a generar nuevas preguntas de investigación. El propósito de este trabajo es presentar un ejercicio de ciencia ciudadana enfocado en la evaluación de la calidad del aire y la caracterización de microfauna acuática del humedal Juan Amarillo de la ciudad de Bogotá. Métodos: se diseñó un estudio longitudinal desde la perspectiva de la ciencia ciudadana que involucró mediciones de material particulado 2,5 (PM2,5) en la ciclorruta del humedal Juan Amarillo. El recorrido fue dividido en dos zonas. Se realizó una caracterización de la microfauna acuática residente en el humedal mediante observación con microscopio óptico y estereoscopio. Resultados: las concentraciones de PM2,5 fueron significativamente mayores en la zona 1 comparadas con las de la zona 2 (p < 0,001). Se identificaron diferentes especies de macroinvertebrados pertenecientes a los grupos Gastropoda, Oligochaeta, Hirudínea. Conclusiones: se estableció una relación entre la concentración de PM2,5 y las condiciones ambientales de la ruta. Se identificaron algunos microorganismos que podrían ser usados como bioindicadores de la calidad del agua. Las actividades de ciencia ciudadana pueden ser útiles para acercar a niños(as) a la ciencia.