Introducción: El síndrome de intestino irritable (SII) y la enfermedad inflamatoria intestinal (EII), son motivos de consulta frecuente. Usualmente su tratamiento se hace en primer nivel de atención, con ajuste de estilo de vida y cambios dietarios. Los tratamientos farmacológicos tienen eficacia limitada e importantes efectos secundarios, por lo que existe un interés creciente en terapias diferentes como el uso de probióticos.Métodos: Se realizó una revisión de la literatura en las bases de datos Medline y Embase buscando estudios que asociaran suplementos nutricionales, con SII o EII, haciendo énfasis en probióticos.Resultados: De un total de 1598 referencias, 43 cumplieron criterios finales de inclusión. El uso de probióticos en SII y EII sugiere ser una terapia que ayuda a mantener los periodos de remisión de enfermedad, mejorar la calidad de vida y atenuar el proceso fisiopatológico.Conclusiones: El uso de probióticos y prebióticos podría ser una alternativa de soporte nutricional en pacientes seleccionados.