El enfoque de sistemas de innovación se ha extendido de manera importante alrededor del mundo; siendo reconocido como un marco conceptual apropiado para entender los procesos de innovación en diferentes contextos y como una herramienta prometedora para guiar y fortalecer el diseño y la implementación de las políticas de ciencia, tecnología e innovación. En este sentido, el presente documento tiene como propósito analizar el Sistema Nacional de Innovación mexicano, destacando el rol de las universidades y las posibilidades de políticas públicas para el fortalecimiento de la gestión del conocimiento. Para ello, se utilizó un enfoque metodológico de carácter cualitativo, fundamentado en la investigación documental. Los resultados del análisis permiten inferir que se trata de un sistema de innovación en proceso de construcción y con interacciones limitadas entre sus agentes, en el que las universidades son nodos estratégicos, que con su labor educativa, humanística y científica pueden incidir en el desarrollo de su entorno, lo cual requiere una nueva lógica de gestión del conocimiento, en el que la excelencia académica se combine con la contribución en las necesidades de la sociedad, impulsando cambios basados en conocimientos que den lugar a la innovación, especialmente de carácter disruptiva.