SummaryMany methods allow us to extract biological activities from omics data using information from prior knowledge resources, reducing the dimensionality for increased statistical power and better interpretability. Here, we present decoupleR, a Bioconductor package containing computational methods to extract these activities within a unified framework. decoupleR allows us to flexibly run any method with a given resource, including methods that leverage mode of regulation and weights of interactions. Using decoupleR, we evaluated the performance of methods on transcriptomic and phospho-proteomic perturbation experiments. Our findings suggest that simple linear models and the consensus score across methods perform better than other methods at predicting perturbed regulators.Availability and ImplementationdecoupleR is open source available in Bioconductor (https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/decoupleR.html). The code to reproduce the results is in Github (https://github.com/saezlab/decoupleR_manuscript) and the data in Zenodo (https://zenodo.org/record/5645208).ContactJulio Saez-Rodriguez at pub.saez@uni-heidelberg.de.
Este trabajo se centra en comentar la construcción o representación que realiza Azorín del ejército norteamericano en el campamento que construyeron, el año 1918, en Francia durante la Gran Guerra, luego que, en 1917, los Estados Unidos de América entraran en la contienda, permitiendo que se pudiera definir como un conflicto global, y no solo europeo. Azorín, alineado a la causa aliada y, especialmente francesa, escribe para el periódico ABC, de carácter germanófilo, artículos que sirven de propaganda en España de los intereses aliados y estadounidenses. Representa al joven ejército como una entidad fuerte y vital que decidirá, como así fue, el final de la guerra.
En este artículo examinamos las distintas utilidades de la evaluación del aprendizaje y planteamos los conflictos que puede producir el querer enfatizar demasiado ciertas utilidades secundarias al coste del detrimento de otras más relevantes y características de cada tipo de evaluación. Siguiendo a Cees van der Vleuten (autor premiado en 2012 con el Karolinska Prize for Research in Medical Education) [1] proponemos como solución el llegar a un compromiso fundamentado que nos permita comprometer unas características u otras de la evaluación en función de la utilidad principal que pretendemos lograr por medio de ésta [2,3]. Se revisan las características de los instrumentos de evaluación y se describe la función de utilidad de un método de evaluación. Se discute la dicotomía entre dos tipos de evaluación: la evaluación formativa y de baja repercusión versus la evaluación acreditativa y de alta repercusión. Se establecen las características que son irrenunciables y no se pueden comprometer en cada uno de estos dos tipos de evaluación. Estas características esenciales irrenunciables son la validez, la fiabilidad y la seguridad en la evaluación acreditativa o de alta repercusión (HighStakes Assessment), mientras que en la evaluación formativa de baja repercusión (Low Stakes Assessment) no podemos comprometer el impacto educativo que incluye el estímulo del trabajo del alumno, el ejercicio de competencias y el feedback correctivo.
scite is a Brooklyn-based organization that helps researchers better discover and understand research articles through Smart Citations–citations that display the context of the citation and describe whether the article provides supporting or contrasting evidence. scite is used by students and researchers from around the world and is funded in part by the National Science Foundation and the National Institute on Drug Abuse of the National Institutes of Health.