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Estudo de caracterização molecular e de diversidade genética com base em marcadores moleculares requer DNA de qualidade, livre de contaminantes como fenóis e polissacarídeos, e também em quantidade suficiente para realização de reações em cadeia da polimerase (PCR). Os protocolos de extração de DNA vegetal são, em sua maioria, baseados no método CTAB (Brometo de Cetiltrimetilamônio), contudo devido às particularidades de cada planta, são necessários ajustes quanto aos reagentes utilizados e à quantidade dos mesmos. Diante do exposto, este estudo teve por objetivo avaliar diferentes concentrações de CTAB e de β-mercaptoetanol no protocolo de extração de DNA de Solenidium lunatum (Lindl.) Kraenzl (Orchidaceae), visando futuros estudos de diversidade genética com utilização de marcadores moleculares. Para o CTAB foram testadas as concentrações 2% e 5%, enquanto que para o β-mercaptoetanol, foram testados 0% e 2%. Para verificar se o material extraído era passível de amplificação, realizam-se testes com três primers ISSR (Inter Simple Sequence Repeats). Os resultados indicam que todos os métodos foram eficientes na extração do DNA em quantidade e qualidade necessárias para realização de PCRs. Todavia, recomenda-se a utilização do protocolo CTAB 2% sem adição de β-mercaptoetanol, uma vez que não foram verificadas diferenças significativas nos resultados de amplificações. A utilização desse protocolo produz material de qualidade, passível de amplificação, com redução de custos e de riscos de intoxicação.

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