Analizamos la diversidad genética y la estructura de tres poblaciones alopátricas del huachinango del Pacífico Lutjanus peru (Nichols y Murphy, 1922) mediante análisis de fragmentos de restricción de toda la región de control mitocondrial (1350 pb). Encontramos altos niveles de diversidad haplotípica (h = 0.966) y nucleotídica (π = 3.23%) en los 100 organismos analizados provenientes de las costas de Baja California Sur, Sinaloa y Jalisco (México). La mayor fracción de la variabilidad fue detectada con sólo una de las cinco enzimas de restricción utilizadas (MseI). El análisis de heterogeneidad de las frecuencias haplotípicas no fue significativo (χ 2 = 125.1, P > 0.25); los valores de los índices de fijación de Wright (F ST = 0.0062, P = 0.140) y su análogo molecular (Φ ST = 0.0194, P = 0.056) tampoco lo fueron. Un análisis de variancia molecular (AMOVA) corroboró la ausencia de diferenciación entre poblaciones peninsulares y continentales, aunque arrojó un Φ ST marginalmente significativo (Φ ST = 0.0116, P = 0.048). No se detectó ningún patrón filogeográfico en un árbol génico reconstruido por Neighbor-Joining. Argumentamos que los altos niveles de diversidad genética molecular son consistentes con la existencia de un tamaño poblacional importante, mientras que la ausencia de estructura genética en el extremo norte de distribución de la especie sugiere la acción de mecanismos pasivos de transporte larvario entre poblaciones alopátricas, aunque la migración activa de organismos adultos no puede ser descartada del todo.