El cultivo de la caña de azúcar contribuye a la economía nicaragüense generando el 6.9% del PIB nacional en 2016. Actualmente, está en riesgo el crecimiento de la industria azucarera y su transformación en una biofabrica, tanto por las malas prácticas agrícolas (uso excesivo de agroquímicos y degradación del suelo) como por los efectos del cambio climático, que van desde sequías hasta enfermedades y plagas emergentes. Una de las alternativas más prometedoras para enfrentar la problemática, es el conocimiento de los microorganismos nativos asociados a los principales cultivos (patógenos y benéficos) y poder tomar decisiones de manejo acertadas. En este trabajo, aislamos éstos microorganismos, los identificamos a nivel de ADN y obtuvimos información de su función y relación con el cultivo, constituyendo una base de datos biológica que en adelante será utilizada para el desarrollo de productos biológicos y las mejores estrategias de control para los patógenos emergentes. Esta pionera investigación desarrollada en Nicaragua, enfocada en la microbiota asociada al cultivo de la caña de azúcar, contribuye a la comprensión de la relación plantasuelo. Y los resultados aportan a la innovación agrícola, la mitigación de los efectos del cambio climático y la sostenibilidad ambiental.