La calidad fisiológica de la semilla garantiza óptimos rendimientos de cultivo.  En la Escuela de Posgrado de Agronomía de la Universidad Centroccidental Lisandro Alvarado (UCLA), estado Lara, Venezuela, se estudiaron los factores que inciden en la calidad de semillas de Allium cepa L.  En el estudio se evaluaron la calidad fisiológica, microbiota con potencial fitopatógeno y metabolitos secundarios en cuatro materiales comerciales de semillas de cebolla (Allium cepa L.): Texas 438 identificados como TX1 y TX2, y Yellow Granex YG1 y YG2.  Para las pruebas de vigor se realizó el conteo de germinación, porcentaje de emergencia (PE), celeridad de emergencia (VE), índice de celeridad de emergencia (IVE), además de una prueba de viabilidad con tetrazolio (Tz).  La microbiota fue determinada por incubación en medio de cultivo para hongos y bacterias y los metabolitos secundarios fueron determinados por cromatografía de capa fina.  Para las evaluaciones de germinación, emergencia e identificación de patógenos se dispusieron cuatro repeticiones de 100 semillas cada una.  Los resultados mostraron que el porcentaje de germinación de los materiales evaluados estaba por debajo de los estándares internacionales (80%), la germinación fue afectada por las condiciones de almacenamiento que influyeron en la de viabilidad de las semillas, lo cual se reflejó en el estado fitosanitario con presencia de Aspergillus sp., A. niger, Rhizopus, Fusarium, Mucor, Penicillum y algunas bacterias.  Los metabolitos secundarios presentes (fenoles y flavonoides) desempeñaron un papel fundamental en la defensa contra la microbiota presente, encontrando valores altos de los mismos en las semillas con menor cantidad de patógenos.