Foi realizada a análise da malacofauna presente em seis pequenos sambaquis localizados em Jaguaruna-SC com idades entre 3080 e 580 anos AP (Eliza, Encruzo, Campo Bom I, Campo Bom II, Campo Bom III e Arroio da Cruz I). Foram identificadas 24 espécies de moluscos sendo 10 gastrópodes e 12 bivalves.  pertencentes a 6 e 10 famílias respectivamente. Todas as espécies eram de ambiente marinho ou estuarino com exceção de duas espécies do caracol terrestre Megalobulimus. Constatou-se a existência de dois padrões distintos quanto à constituição da matriz malacológica dos sítios. Nos sambaquis mais antigos (Eliza e Encruzo) havia maior diversidade de espécies sendo a maioria procedentes de um paleoambiente lagunar e estuarino (Anomalocardia brasiliana, Phacoides pectinatus e Erodona mactroides) incluindo manguezal (Cassostrea brasiliana), com grande variação no tamanho intraespecífico e a ocorrência de indivíduos íntegros com as valvas fechadas. Nos sambaquis com datações mais recentes (Campo Bom I, II e III, e Arroio da Cruz I) havia a presença majoritária de espécies do litoral de mar aberto (Mesodesma mactroides e Donax hanleyanus) com maior uniformidade intraespecífica no tamanho, sendo que a matrix malacológica do Campo Bom II diferenciou-se pela ocorrência adicional de grandes indivíduos do bivalve Tivela zonaria e do gastrópode Pachycymbiola brasiliana, inferindo uma construção diferenciada. Este estudo reforçou a importância da avaliação da matriz malacológica em sambaquis como indicativo do paleoambiente e das opções culturais de seus construtores, bem como que a diversidade de espécies poderia sugerir um uso ou função distinta do sítio.