Los metales pesados son considerados como los principales contaminantes de acuíferos debido a su alta toxicidad, persistencia y movilidad; afectan importantes cargas hidráulicas como lagunas y canales de irrigación, y por sus propiedades físicas y químicas no son biodegradables y pueden llegar a ser tóxicos para vertebrados e invertebrados. El objetivo de este estudio fue determinar la presencia de metales pesados en la población de Crocodylus moreletii que habita en la porción sur del río Lacantún en la selva Lacandona. Se recolectaron muestras de escamas caudales mediante capturas manuales y con apoyo de lazos tipo Thompson de marzo del 2018 a febrero del 2019 en 23 km de la subcuenca media del río, en la Reserva de la Biosfera Montes Azules (REBIMA). En el laboratorio, se determinó por espectroscopia de absorción atómica con flama la presencia de los metales plomo (Pb), cadmio (Cd), cobre (Cu) y zinc (Zn), y por generación de hidruros el metal mercurio (Hg) y el metaloide arsénico (As). Con estos resultados se infiere que los contaminantes presentes en las escamas caudales de C. moreletii en los tres sitios muestreados son indicativos de fuentes puntales de contaminación para la zona limítrofe sur de la REBIMA dentro del complejo conocido como Selva Lacandona.