Las aguas mineromedicinales en Ecuador y Venezuela se utilizan desde hace siglos como medicamentos por la población de estos países.  Sin embargo, la biodiversidad bacteriana es poco conocida. Por ello, el objetivo del trabajo fue conocer la biodiversidad bacteriana en el agua de balnearios mineromedicinales  de Ecuador y Venezuela. Se tomaron muestras de agua en diversos punto de cada balneario. Los estudios microbiológicos se realizaron siguiendo los esquemas propuestos por MacFaddin, complementadas con las pruebas bioquímicas de las galería API y Microgen. En las aguas de los balnearios de Ecuador se identificaron un total de 284 colonias de los géneros Acidovorax, Acinetobacter, Actinomyces, Aeromonas, Alcaligenes, Bacillus, Brevibacterium, Brevundimonas, Budvicia, Burkholderia, Citrobacter, Corynebacterium, Edwardsiella, Ewingella, Flavobacterium, Kurthia, Micrococcus, Moraxella, Proteus, Pseudomonas, Psychrobacter, Ralstonia, Staphylococcus, Vibrio, Yersinia, Yokonella y Xenorhabdus. En las agua de los balnearios de Venezuela, se logró identificar 158 colonias de los géneros Aeromonas, Alcaligenes, Bacillus, Brevundimonas, Burkolderia, Chromobacterium, Citrobacter, Comamonas, Edwardsiella, Enterobacter, Klebsiella, Kluyvera, Moraxella, Plesiomonas, Proteus, Pseudomonas, Ralstonia, Shewanella, Staphylococcus, Weeksella y Vibrio. Se observo un claro predominio de las bacteria Gram negativas de la clase Gama proteobacterias en los balnearios mineromedicinales de ambos países.