Introdução: a depressão consiste é um transtorno mental recorrente e incapacitante, resultante da influência de fatores sociais, psicológicos e biológicos, dentre os cursos acadêmicos, têm-se o de Medicina com maior prevalência desta psicopatologia. Objetivo: comparar os índices de depressão entre acadêmicos de Medicina inseridos em instituições que adotam as metodologias ativas e tradicionais. Metodologia: pesquisa de campo, transversal, com abordagem quantitativa realizada por meio de formulário disponibilizado em redes sociais e aprovada pelo Comitê de Ética (no 5.210.194/2021). Para a coleta de dados, utilizou-se o Inventário de Beck, o qual foi aplicado a 138 estudantes. Os dados foram analisados mediante estatística descritiva simples e para inferir predição entre as variáveis, usou-se a regressão logística binária (método enter), U de Mann-Whitney para comparação entre grupos e cálculos de tamanho de efeito (r), além do Qui-quadrado de Pearson (2x4) para associações e cálculos de prevalência para cada grupo (p < 0,05). Resultados: a pesquisa mostrou uma média de idade foi de 23,55 ±3,96 e predomínio do sexo feminino (65,33%). Observou-se prevalência de depressão entre estudantes do oitavo período de medicina de 36,6%. Foi possível observar a metodologia do ensino e a depressão tiveram impacto estatisticamente significativo nos desejos suicidas. Ainda, que não foi possível encontrar diferenças estatisticamente significativas entre metodologias de ensino (metodologias ativas e metodologia tradicional) e depressão (U = 1633,000, z = -1,488, p < 0,13). Conclusão: os achados deste estudo reforçam a necessidade de novas pesquisas, especialmente comparativas entre ensino tradicional e ativo, uma vez que são escassas. Ademais, avaliar a saúde mental dos acadêmicos de medicina é fundamental, pois é preciso cuidar daquele que vai prover o cuidado.