Introducción: En Chile la obesidad infantil es un problema de salud pública, siendo los malos hábitos de alimentación y la disminución de la actividad física las principales causas. El objetivo de este estudio fue explorar la asociación entre el estado nutricional, riesgo cardiovascular y el consumo de desayuno en escolares de Santiago de Chile. Material y métodos: Estudio de corte transversal. La muestra estuvo constituida por 434 escolares de ambos sexos de un establecimiento educacional de Santiago de Chile. El estado nutricional se determinó con la evaluación de peso, estatura y circunferencia cintura. Para describir el consumo de desayuno se aplicó una encuesta elaborada para este estudio. Resultados: El 30,2% de los escolares presenta obesidad y el 26,7% tiene sobrepeso según IMC. El 25,3% se clasifica con riesgo de obesidad abdominal y el 31,2% presenta obesidad abdominal según circunferencia cintura. El 18,9% de los evaluados no consume desayuno todos los días. En comparación con los sujetos que consumen siempre desayuno, el riesgo de obesidad fue mayor en aquellos escolares que nunca consumían desayuno (Odds ratio (OR): 1,9 [(IC) del 95%: 0,91-2,97] p = 0,11), al igual que el riesgo de obesidad abdominal (Odds ratio (OR): 1,66 [(IC) del 95%: 0,91-2,97] p = 0,32).Conclusiones: Existe una elevada prevalencia de malnutrición por exceso acompañado de un porcentaje importante de escolares que no toma desayuno diariamente. Los escolares que no consumen desayuno todos los días tienen un mayor riesgo de obesidad.