Sumber daya pesisir Perairan Nambo di Kota Kendari meliputi ekosistem mangrove dan lamun yang memberikan manfaat ekologi bagi kehidupan organisme bentik dan organisme lainnya. Salah satu organisme bentik yang dimanfaatkan oleh masyarakat setempat adalah kerang lentera. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui preferensi habitat kerang lentera di Perairan Nambo. Pengambilan sampel menggunakan metode acak sistematis dengan interval waktu dua kali sebulan. Data kepadatan, pola distribusi dan distribusi ukuran dianalisis. Preferensi habitat kerang lentera dianalisis dengan Coresponden Analysis (CA) dan Principle Componen Analysis (PCA) untuk mengetahui karakteristik parameter perairan melalui program XLSTAT versi 2014. Hasil analisis menunjukkan nilai kepadatan kerang lentera yaitu 1,06–10,44 ind/m2. Indeks pola distribusi menunjukkan kerang lentera mempunyai penyebaran acak dan seragam. Sebaran ukuran panjang total (panjang cangkang dan pedikel) kerang lentera dikelompokkan dalam 10 kelas ukuran, dimana ukuran yang mendominasi adalah 77–102 mm. Preferensi habitat kerang lentera dikarakteristikkan oleh tekstur substrat pasir sedang dan berlumpur pada daerah ekosistem mangrove.