Os fragmentos florestais remanescentes da mata atlântica influenciam indubitavelmente na qualidade da água dos rios que drenam. Objetivando analisar o percentual de cobertura florestal e os impactos antrópicos sobre os parâmetros de qualidade da água e compará-las em relação à resolução CONAMA no 357/2005, estudaram-se duas sub-bacias: rio Formate e rio Jucu Braço Sul, no qual pertencem a Bacia Hidrográfica do rio Jucu. Para subsidiar a discussão utilizou-se o IQA da CETESB e o Software ArcGIS 9.3 para elaborar a base de dados espaciais. Os resultados expõem que o Rio Jucu (Braço Sul) com 68% de cobertura florestal apresentou água com índice de qualidade “boa” em todos os pontos e o Formate com 41% de cobertura florestal entre “regular” e “ruim”. Destaca-se também que as variáveis que se apresentaram acima do limite estabelecido pela resolução CONAMA 357/2005 foram DBO5, Ptotal, Ntotal e Colifirmes Termotolerantes principalmente na sub-bacia do rio Jucu, que representam poluição antrópica. Por fim, o estudo aponta a influência do ambiente externo sobre a qualidade da água, relevando a importância da cobertura florestal como meio de proteção aos mananciais, e assim priorizar sua segurança hídrica.