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El olivo (Olea europaea L.) presenta un complejo panorama varietal aún no caracterizado e identificado totalmente. En este trabajo se estudió material con incertidumbre identitaria: se analizaron seis loci microsatélites de 13 accesiones relacionadas al cultivar Manzanilla de la colección del INTA Catamarca y de dos genotipos de huertos comerciales del departamento Cruz del Eje, Córdoba. Para confirmar la identidad de cultivares y la predominante base germoplásmica en genotipos de origen incierto, se compararon sus perfiles alélicos con los nueve cultivares referentes depositados en la colección del EEA INTA Junín (Mendoza), en el Banco Mundial de Germoplasma de Olivo (Córdoba, España) y con información disponible en OLEA databases. Con la composición alélica obtenida se  generó una matriz de distancia genética que permitió estimar parámetros de diversidad y realizar análisis multivariados de ordenación y agrupamiento. Los resultados permitieron conocer la base genética de genotipos  nativos, constatándose un elevado nivel de heterocigocidad. Se confirmó la identidad de la accesión Carmona y de dos variantes alélicas (Imperial y 4So.CE). Se detectó una posible sinonimia entre las accesiones Israelí y Fina y una  homonimia para el cv. Española. Estos resultados contribuyen a la valorización y uso eficiente de recursos genéticos del olivo.