Este trabajo presenta los resultados de una investigación cualitativa con la finalidad de caracterizar los desafíos de la metodología de aprendizaje basado en problemas (ABP) en una institución privada de educación básica en México. El estudio se desarrolló a partir de 15 entrevistas realizadas a directivos, docentes y alumnos. Se utilizó el análisis de contenido para la sistematización de los datos. Los códigos principales fueron percepción del aprendizaje, limitaciones, sugerencias, ventajas y ambiente de aprendizaje. Los resultados demuestran que la metodología de aprendizaje basado en proyectos promueve el pensamiento crítico, la creatividad y la autonomía. Como uno de los desafíos se encuentran los paradigmas tradicionales, el conformismo y el desconocimiento de la estrategia por parte de los docentes. En específico, los resultados de las entrevistas a estudiantes demuestran que no cuentan con las habilidades para el manejo de la información al momento de generar los proyectos; además, necesitan reforzar las habilidades para la coordinación del trabajo en el interior de un equipo. Se destaca la importancia del generar ambientes de colaboración, para lo cual la temática o pregunta del proyecto debe ser motivadora para el estudiante y, por último, promover en todo momento una actitud activa frente el aprendizaje. Estos resultados permiten conocer una parte de la integración en el nivel básico del ABP, por lo que ayuda a impulsar su integración en las diferentes comunidades educativas, no solo de forma enunciativa, sino práctica. Por último, como limitantes del estudio se identifica el carácter metodológico, por lo que para futuras indagaciones de este tipo se puede aumentar la muestra, lo que permitirá conocer la realidad de aplicar dicha metodología en otras instituciones.