A avaliação da pessoa com deficiência é importante para determinar suas funcionalidades e incapacidades a fim de garantir uma abordagem no cuidado integral do sujeito. O método utilizado para organizar este pensamento é o modelo de Classificação Internacional de Funcionalidade, Incapacidade e Saúde (CIF). Objetivo: O objetivo deste trabalho foi de avaliar o nível de funcionalidade e incapacidade dos usuários do Centro de Especialização em Reabilitação Física e Intelectual (CER II) da região do médio vale do Itajaí. Metodologia: Trata-se de um estudo com abordagem quantitativa, participaram 19 usuários de ambos os sexos com idade igual ou superior a 18 anos, com multimorbidades que compareceram para consulta no CER II vinculada a Clínica de Fisioterapia da Univali no período entre outubro e dezembro de 2019. As informações foram coletadas através do questionário “World Health Organization Disability Assessment Schedule 2.0” (WHODAS 2.0). Resultados: A média geral do WHODAS foi de 2,40%. O domínio a atividade de vida diária teve a maior média de dificuldade (3,89%), seguido do domínio mobilidade (3,50%), domínio participação (2,61%), e o domínio autocuidado (2,29%). Os domínios relações interpessoais (1,38%), cognição (1,44%) tiveram maior funcionalidade. E 10 usuários (52,3%) apresentaram dificuldades em todos os 30 dias, 6 usuários (31,6%) responderam que não se sentiram completamente incapazes na realização de suas atividades de vida diária. Conclusão: Conclui-se que este estudo foi importante para a gestão do serviço conhecer as funcionalidades e incapacidades dos seus usuários através da percepção deles, e a partir destes resultados promover ações de cuidado integral de acordo com as diretrizes da rede de cuidado da pessoa com deficiência. Neste sentido, para maior eficácia seria interessante associar esse questionário a outros instrumentos.