La soya [Glycine max (L.) Merrill] posee bajos niveles de diversidad genética en comparación con otras especies autógamas. Por lo anterior y con el fin de determinar si existe la necesidad de introducir nuevo germoplasma para generar nuevas variedades, se evaluó la diversidad genética de 24 líneas elite de soya para el trópico húmedo de México y nueve introducciones de otros países, mediante marcadores moleculares tipo AFLP. Los resultados revelaron que las líneas e introducciones no se agruparon de acuerdo a su origen geográfico, además de indicar un alto nivel de polimorfismos (60 %). Los genotipos de México son altamente similares a los de Brasil. El índice dediversidad genética fue bajo (31 %), y semejante a los reportados en otros estudios con RFLP y RAPD. Aunque la muestra de genotipos no representó a la totalidad del germoplasma de soya cultivada en el trópico húmedo de México, se considera que existe suficiente diversidad genética para generar nuevas variedades, ya que tres líneas mexicanas fueron más divergentes a nivel molecular que los materiales considerados filogenéticamente distintos de otros países (basados en características morfológicas y fisiológicas) utilizados como testigos.