Antecedentes: Diferentes especies del protozoario Perkinsus spp. han sido asociados con mortalidades de moluscos comerciales. Objetivos: Se evaluó la prevalencia de Perkinsus sp. en la almeja Megapitaria squalida (junio 2015 a noviembre de 2016) para determinar la relación de la infección con la talla. Métodos: Se sembraron 5,000 semillas (5.73 mm altura de la concha y 0.03 g de peso inicial) en un refugio pesquero de Altata, Sinaloa. Se recolectaron 60 ejemplares cada mes para evaluar su crecimiento y prevalencia del parásito. Se obtuvieron los parámetros fisicoquímicos del agua (temperatura, salinidad, pH, oxígeno disuelto, profundidad y transparencia) y la longitud, largo y ancho de la concha y peso final de M. squalida. Resultados: La prueba de medio fluido de tioglicolato de Ray (MFTR) detectó células esféricas (10X) de color obscuro, indicando la presencia de presuntas hipnosporas de Perkinsus sp. durante los primeros 17 meses de muestreo. La intensidad de la infección promedio fue de grado 2 (leve), mientras que la prevalencia máxima fue de 43.33% en los meses de noviembre (2015) y marzo (2016), con un promedio de 21.05%. Ninguna de las muestras positivas (n = 112) de Perkinsus sp. con MFTR confirmó la presencia del protozoario. No se obtuvo correlación (p >0.05) entre la prevalencia del patógeno con todos los parámetros estudiados. Conclusiones: Los resultados sugieren que M. squalida es poco susceptible a la infección de Perkinsus sp. El presente trabajo representa el primer reporte de Perkinsus sp. en la almeja chocolata M. squalida.