Zaštitna sondažna istraživanja crkve sv. Andrije u Zatonu kod Zadra vršena su u dva navrata, koncem 1991. i početkom 1992. Cilj tih istraživanja bio je sakupljanje osnovnih podataka o crkvi, radi njezine konzervacije i prezentacije. Istraživanjima je ustanovljena crkva iz Justinijanskog razdoblja (6. st.) koja ima romboidni tloris i tri polukružne, u prostoru istaknute i međusobno odvojene apside. Vanjsko lice srednje apside je sedmerostrano. Na temelju lezena u predvorju crkve i pronađenih ulomaka većih kolona pretpostavlja se da je crkva bila trobrodna.Vrlo značajan objekt utvrđenje sa sjeverne strane crkve sv. Andrije. Radi se najvjerojatnije o kasnoantičkom objektu, tijekom 4. st. pretvorenu u ranokršćanski oratorij.U istraženim sondama pronađeno je sveukupno 18 ulomaka arhitektonskih dekorativnih i konstruktivnih elemenata i kamenoga crkvenog namještaja (antičke i ranokršćanske provenijencije), te desetak keramičkih ulomaka, od kojih neki daju mogućnost rekonstrukcije izvornog izgleda posuda.Crkva sv. Andrije u Zatonu sagrađena je na prostoru luke antičkog Nina (Aenona), u sklopu nekog rimskog objekta čiju namjenu zasad nije moguće sa sigurnošću utvrditi. Neprekinuto je bila u funkciji do turskog vremena, kada je i porušena.