As histórias em quadrinhos (HQs) são um recurso eficiente como incentivo à leitura, além de um importante auxiliar no ensino de Ciências, mostrando-se capazes de promover a interdisciplinaridade entre os conteúdos curriculares e a extrapolação imaginária pelos alunos. Partindo desse pressuposto, este artigo relata uma pesquisa em que foi feita uma análise documental das minisséries “Dinastia X” e “Potências de X”, dos X-Men, por meio da identificação dos elementos contrafactuais e dos polos temáticos de Ficção Científica, conforme caracterizados por Piassi (2007). Com isso, foram explorados os potenciais didáticos presentes nas HQs, bem como proposta uma Sequência Didática que tem como tema “Ecossistemas e Relações ecológicas” e foi organizada nos Três Momentos Pedagógicos, sendo voltada para o Ensino Fundamental. Conteúdos específicos (como relações intra e interespecíficas), além de tecnologias e temas sociais relacionados à biodiversidade e degradação ambiental foram abordados.