Objetivo: Determinar el efecto fotodinámico de azul de metileno (MB) y azul de toluidina (TBO) activadas con láser terapéutico sobre biofilms de Streptococcus mutans y Candida albicans. Material y métodos: Se analizaron 61 muestras de biopelículas, en medios de cultivo cerebro corazón (BHI) por 6 días, las muestras se dividieron en 4 grupos y se sumergieron en: grupo experimental en MB al 0,01% y TBO al 0,05%, grupo control positivo en gluconato de clorhexidina (CHX) al 0,12% y grupo control negativo en cloruro de sodio (NaCl) al 0,9%. Las muestras de MB y TBO fueron irradiadas con láser terapéutico con una longitud de onda de 660 nm, y 9 J/cm2 de potencia, cada bloque de esmalte estuvo en cultivo post irradiación. las muestras pasaron a cultivo, para la cepa S. mutans y C. albicans por separado, El método empleado fue el de diluciones seriadas para la cuantificación de UFC luego de 5 días de cultivo. Para el análisis se usó T de student y Anova de un factor. Resultados: encontrando diferencias estadísticas entre los cuatro grupos de experimentación en el crecimiento microbiano (ANOVA p<0,05), al análisis con el grupo control positivo, no hubo diferencias significativas entre MB frente al S. mutans y C. albicans, en contraste con el TBO que mostro diferencias significativas (p<0,05). Conclusión: el MB y TBO muestran en laboratorio, una disminución en el crecimiento de las cepas del biofilm, el TBO mostró mejor efecto a la reducción de crecimiento del S. mutans y C. albicans.