Existe una gran diversidad de hongos que poseen actividad medicinal en Centroamérica y de ellos se pueden extraer los metabolitos secundarios responsables y adecuados para el tratamiento de distintas enfermedades. En esta revisión se realizó una investigación acerca de seis hongos específicos que se utilizan para el tratamiento de padecimientos físicos: Penicillium chrysogenum (P. chrysogenum), Ganoderma lucidum (G. lucidum), Trametes versicolor (T. versicolor), Schizophyllum commune (S. commune), Pleurotus mutilus (P. mutilus), Lentinula edodes (L. edodes), y un último hongo que tiene propiedades alucinógenas útiles en el tratamiento de enfermedades mentales: Psilocybe cubensis (P. cubensis). Se encontró que los metabolitos secundarios de mayor importancia para la industria médica son la penicilina y la tiamulina como antibióticos, los triterpenos por su actividad anticancerígena, diversos tipos de polisacáridos que tienen actividad antioxidante, antiparasitarios, estimulantes del sistema inmune y reguladores del colesterol. Asimismo, se estudió el alucinógeno psilocibina y su potencial en tratamientos de psicoterapia.