Objetivo: Dar a conocer las características sociodemográficas y de georreferenciación de la población colombiana con endocarditis. Métodos: Los datos se obtuvieron del Sistema Integrado de Información de la Protección Social. Se realizaron cálculos de prevalencia por cada 10 000 habitantes para cada tipo de endocarditis y variables sociodemográficas. Se utilizó Microsoft Excel® 2016 para el análisis de los datos con intervalos de confianza del 95 %. Resultados: Se encontró un total de 7495 registros de endocarditis con una tasa promedio de 0,31/10 000 habitantes, siendo más frecuentes la endocarditis valvular y la endocarditis aguda. Se observó la mediana para la edad en 51 ± 13,7 años, más frecuente en el sexo masculino, entre 15 y 64 años. Los departamentos con mayor tasa de prevalencia fueron Vaupés y Santander. Conclusiones: La endocarditis presenta una tendencia en aumento durante los últimos años, con mayor prevalencia en la edad productiva, por lo que se considera necesario generar políticas de salud pública para mejorar el diagnóstico y el tratamiento.