O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito do alagamento do solo de várzea, em diferentes estádios fenológicos da cultura da soja, na qualidade das sementes. A qualidade fisiológica de sementes é afetada negativamente pelo alagamento do solo, impedindo a produção de sementes com qualidade. Há relação entre o peso de 1000 sementes e a distribuição das sementes em peneiras, porém não há relação com a qualidade fisiológica das sementes. O alagamento altera a distribuição das sementes em peneiras classificadoras, com maior retenção em peneiras de maior diâmetro.