Sistem presensi selalu menjadi masalah baik bagi dosen maupun mahasiswa. Sistem presensi manual menggunakan lembaran yang kemudian ditandatangani oleh mahasiswa. Lembaran tersebut direkap oleh dosen setiap akhir semester yang membuat waktu dosen untuk menyiapkan materi berikutnya terbuang sia-sia. Pentingnya perubahan dan penyerderhanaan sistem presensi dapat membantu dosen juga mahasiswa dalam hal peringatan mengenai jumlah presensi. Aplikasi sistem presensi dikembangkan dengan metode prototype yang menerapkan JSON Web Token, fingerprint, dan QR Code sebagai keamanan dan keaslian data serta algoritma haversine untuk perhitungan jarak mahasiswa dengan universitas. Sistem presensi dapat diakses oleh dosen melalui website dan mahasiswa melalui mobile yang dihubungkan dengan penerapan web service berbasis REST API. Pengujian dari sistem presensi menggunakan metode black box dengan hasil hampir sesuai dengan yang diharapkan. Hasil dari penelitian ini adalah dengan diciptakannya aplikasi presensi selanjutnya dapat mempermudah dosen maupun mahasiswa dalam hal proses. Hasil dari penelitian ini juga dapat menjadi acuan untuk peneliti berikutnya mengembangkan sistem presensi.